1) ENCIK KASSIM BIN AHMAD

   E ncik Kassim Ahmad merupakan orang pertama yang memegang jawatan sebagai pengetua di sekolah ini. Beliau mula berkhidmat pada 1 Jan 1965 hingga 31 Dec 1965. Walaupun tempoh perkhidmatan beliau tidak lama disekolah ini tetapi jasa dan sumbangan beliau tidak boleh dinafikan dalam bidang akademik.

2) ENCIK ISHAK BIN ALI

   P engetua kedua yang dilantik menggantikan Encik Kassim ialah Encik Ishak Bin Ali. Beliau memegang jawatan ini mulai 1 Jan 1966 dan berakhir pada Dec 1971. Merupaka seorang yang tegas dan banyak mengambil berat tentang kebajikan dan pencapaian anak didiknya.


3) ENCIK BACHAN SINGH

   B eliau pula merupakan pengetua yang ke 3 pernah berkhidmat di sekolah ini. Beliau mula bertugas pada 1 Jan 1972. Banyak perubahan dibuat semasa beliau di sini. Aspek akademik dan ko-kurikulum terus diberi perhatian dalam mencapai impian beliau membawa SMK Kota kemercu kejayaan. Beliau menamatkan perkhidmatanya pada 31 Disember 1979.


4) TUAN HAJI AB.RAHMAN BIN OMAR

   T uan Haji Ab.Rahman bin Omar telah mengantikan En.Bachan Singh sebagai pengetua ke 4 disekolah ini. Mula bertugas pada 1 jan 1980 dan berakhir pada 15 Mei 1983. merupakan pengetua yang penyayang dan prihatin serta tegas. Berjaya membentuk pelajar disini berdisiplin tinggi. Pencapaian akademik juga tidak dipinggirkan malah terus meningkat sebagaimana impian beliau ke sini.

5) TUAN HAJI NIK MOHD.AMIN BIN NIK JAAFAR

   B eliau adalah pengetua ke 5 yang bertugas di sekolah ini bermula pada 16 Mei 1983 dan berakhir pada 1995. Merupakan pengetua paling lama berkhidmat di sekolah ini iaitu melebihi 12 tahun.
Sepanjang tempoh perkhidmatan beliau disini , beliau banyak menumpukan perhatian dalam menjayakan wawasan sekolah. Gigih membentuk generasi berilmu dan berjiwa mulia seterusnya menerapkan nilai hidup beragama. Beliau juga begitu disegani oleh semua pelajar dan seluruh warga SMK Kota.

6) TUAN HAJI ISMAIL BIN MAT

   M erupakan pengetua yang ke 6 di sekolah ini dan mula memegang jawatan pengetua di sini ada 16 November 1995 sehinggalah beliau bersara daripada perkhidmatan perguruan pada 31 Mac 1998.

7) PUAN HJH ZANARIAH BINTI MOHAMMED

   B eliau mengambil alih tugas sebagai pengetua yang ke-7 bermula pada 1 April 1998 hingga 01.10.2004. Banyak sumbangan telah dicurahkan. Aspek keceriaan sangat dipentingkan supaya sekolah ini cantik dan selesa sebagai tempat menuntut ilmu. Kawasan sekolah berubah wajah dan terus diberi perhatian . Seluruh sudut tidak diabaikan.  Budaya kerja cemerlang ditanam dalam hati seluruh warga di sini bagi memantapkan lagi penghayatan menghasilkan kerja cemerlang dan membawa sekolah ke mercu kejayaan dan kegemilangan.  

8) PUAN HJH NASHIMAH BINTI AHMAD

   B eliau mengambil alih tugas sebagai pengetua yang ke-8 bermula pada 01.10.2004 hingga01.02.2006. Sepanjang pentadbiran beliau pelbagai kejayaan telah ditempa baik diperingkat negeri atau kebangsaan. Kejayaan yang paling hebat ialah mendapat tempat kedua dalam pertandingan Anugerah Kualiti Menteri Pelajaran (AKMP) peringkat kebangsaan pada tahun 2005.

9) TN.HJ.MOHD PAUZI BIN MAT HUSSIN

   B eliau mengambil alih tugas sebagai pengetua yang ke-9 bermula pada 01.02.2006 hingga SEKARANG. Merupakan seorang pengetua yang telah berjaya melonjakkan lagi kecemerlangan SMK Kota sebagai sebuah sekolah cemerlang, gemilang dan terbilang dalam aspek akademik, ko-kurikulum, sahsiah dan kerohanian bagi merealisasikan aspek pembangunan modal insan yang selari dengan wawasan 2020 dan Teras PIPP.

B anyak sumbangan yang telah dicurahkan oleh beliau dalam memacu SMK Kota sebagai sebuah institusi pendidikan tersohor. Aspek keceriaan sangat dipentingkan supaya sekolah ini cantik dan selesa sebagai tempat menuntut ilmu. Kawasan sekolah dan Bilik-Bilik PAK terus diberi perhatian sehingga SMK Kota berjaya mendapat pelbagai kejayaan baik diperingkat negeri mahupun kebangsaan contohnya mendapat tempat ketiga dalam pertandingan Sekolah Lestari Alam Sekitar dan Pertandingan PSS Peringkat Kebangsaan.

   B udaya kerja berasaskan kerangka Plan Pembangunan Pendidikan Kelantan (3PK) dan PIPP ditanam dalam hati seluruh warga di sini bagi memantapkan lagi penghayatan menghasilkan kecemerlangan dan membawa sekolah ke mercu kejayaan dan kegemilangan. Dalam pelbagai dasar dan program yang diadakan beliau amat mementingkan kebajikan guru dan murid serta menjalinkan hubungan yang mesra dengan masyarakat. Moto JPNK iaitu 'Cakna Pendidikan Kelantan Tersohor' direalisasikan sepenuhnya dalam pengurusan SMK Kota.

   P encapaian sekolah terus meningkat berbanding sebelumnya malah mampu menghasilkan pelajar cemerlang, mewakili sekolah dalam pelbagai pertandingan dan berupaya meneruskan pengajian ke peringkat yang lebih tinggi.