SMK Kota amat berbangga dengan pelaksanaan Sistem Pra Universiti untuk Tingkatan 6 oleh KPM. Sehubungan itu, pihak sekolah telah melaksanakan sistem baru ini secara berperingkat mengikut modul sistem pendidikan pra universiti yang dibekalkan oleh KPM dan JPNK..

Modul pembelajaran meliputi kuliah, tutorial, R&D, Kolokium, Kokurikulum, penggubalan item dan lain-lain. P&P didokumentasikan menggunakan folio-folio khusus dalam bentuk fail softcopy dan hardcopy. Pengurusan Pra-U SMK Kota ditadbir oleh PKP Tingkatan 6 iaitu Pn.Hjh.Nooraini Awang. Penasihat Pra-U SMK Kota ialah Guru DG52 iaitu Pn.Hjh.Halijah Mustapa dan Pn.Zainun Mat Deris. Setiausaha Peperiksaan STPM ialah Guru DG48 iaitu Tn.Hj.Wan Mustapa Ismail.